Τον Μάρτιο του 1932, οι Lindberghs έπαθαν σοκ όταν απήγαγαν τον γιο τους. Καταβλήθηκαν λύτρα 50.000 δολαρίων, αλλά το μωρό βρέθηκε νεκρό. Η ανησυχία και η φρίκη του έθνους οδήγησε σε νόμους που διεύρυναν τον ρόλο των ομοσπονδιακών υπηρεσιών επιβολής του νόμου στην αντιμετώπιση τέτοιων εγκλημάτων, συμπεριλαμβανομένου του επιτρέποντος στην κυβέρνηση να απαιτήσει τη θανατική ποινή για τους απαγωγείς που μεταφέρουν θύματα πέρα ​​από τις πολιτειακές γραμμές.

O Linderbergh, ο οποίος έγινε η πρώτη διασημότητα παγκοσμίως πέντε χρόνια νωρίτερα όταν πέταξε το The Spirit of St.Louis  πέρα από τον Ατλαντινκό και η σύζυγός του Anne ανακάλυψαν ένα σημείωμα λύτρων στο άδειο δωμάτιο του 20 μηνών παιδιού τους την 1η Μαρτίου. Ο απαγωγέας είχε χρησιμοποιήσει μια σκάλα για να ανέβει στο ανοιχτό παράθυρο του δεύτερου ορόφου και είχε αφήσει λασπωμένα ίχνη στο δωμάτιο . Σε μόλις ευανάγνωστα αγγλικά, το σημείωμα λύτρων απαιτούσε 50.000 δολάρια.

Το έγκλημα τράβηξε την προσοχή ολόκληρου του έθνους. Η οικογένεια Lindbergh πλημμύρισε από προσφορές βοήθειας και ψευδείς ενδείξεις. Ακόμα και o Al Kapone πρόσφερε τη βοήθειά του από τη φυλακή. Για τρεις ημέρες, οι ανακριτές δεν είχαν βρει τίποτα και δεν υπήρχε καμία άλλη πληροφορία από τους απαγωγείς. Στη συνέχεια, εμφανίστηκε μια νέα επιστολή, αυτή τη φορά που απαιτούσε 70.000 δολάρια.

Μόλις στις 2 Απριλίου οι απαγωγείς έδωσαν οδηγίες για το που θα άφηναν τα χρήματα. Όταν τελικά παραδόθηκαν τα χρήματα, οι απαγωγείς υπέδειξαν ότι το μωρό βρισκόταν σε μια βάρκα που ονομαζόταν Νέλι στα ανοιχτά της Μασαχουσέτης. Ωστόσο, μετά από εξονυχιστική έρευνα σε κάθε λιμάνι, δεν υπήρχε κανένα σημάδι ούτε από το σκάφος ούτε από το παιδί.

Στις 12 Μαΐου, σε μια νέα έρευνα στην περιοχή κοντά στην έπαυλη Lindbergh βρέθηκε το νεκρό σώμα του μωρού. Είχε σκοτωθεί τη νύχτα της απαγωγής και βρέθηκε λιγότερο από ένα μίλι μακριά από το σπίτι. Οι συντετριμμένοι Lindberghs κατέληξαν να δωρίσουν το σπίτι σε φιλανθρωπικούς σκοπούς και απομακρύνθηκαν.

Η υπόθεση της απαγωγής φαινόταν ότι θα παρέμενε άλυτη μέχρι τον Σεπτέμβριο του 1934, όταν εμφανίστηκε ένας σεσημασμένος λογαριασμός από τα λύτρα. Υποψιασμένος για τον οδηγό που του το είχε δώσει, ο πρατηριούχος που είχε αποδεχθεί τον λογαριασμό έγραψε τον αριθμό της πινακίδας του. Εντοπίστηκε σε έναν Γερμανό μετανάστη, τον Bruno Hauptmann. Όταν έγινε έρευνα στο σπίτι του, οι ντετέκτιβ βρήκαν 13.000 δολάρια από χρήματα για λύτρα που είχε δώσει ο Lindbergh.

Ο Hauptmann ισχυρίστηκε ότι ένας φίλος του είχε δώσει τα χρήματα για να τα κρατήσει και ότι δεν είχε καμία σχέση με το έγκλημα. Η δίκη που προέκυψε έκανε και πάλι εθνική αίσθηση. Οι διάσημοι συγγραφείς Damon Runyan και Walter Winchell κάλυψαν τη δίκη. Η υπόθεση της εισαγγελίας δεν ήταν ιδιαίτερα ισχυρή. Το κύριο αποδεικτικό στοιχείο, εκτός από τα χρήματα, ήταν η μαρτυρία των ειδικών στη γραφή ότι το σημείωμα για τα λύτρα είχε γραφτεί από τον Hauptmann και η σχέση του με το είδος του ξύλου που χρησιμοποιήθηκε για την κατασκευή της σκάλας.

Ωστόσο, τα στοιχεία και η έντονη δημόσια πίεση ήταν αρκετά για να καταδικαστεί ο Hauptmann. Τον Απρίλιο του 1936 εκτελέστηκε στην ηλεκτρική καρέκλα. 

Η απαγωγή θεωρήθηκε ομοσπονδιακό έγκλημα.

Οι Lindberghs μετακόμισαν στην Ευρώπη μετά την εκτέλεση του δολοφόνου του γιου τους το 1935. Ενώ βρισκόταν στη Γαλλία ο Lindbergh εργαζόταν με τον Alexis Carrel (1873–1944), έναν Αμερικανό χειρουργό και πειραματικό βιολόγο που είχε κερδίσει το βραβείο Νόμπελ στην ιατρική το 1912. Οι δύο άνδρες τελειοποίησαν μια «τεχνητή καρδιά και πνεύμονες», μια αντλία που μπορούσε να κρατήσει ζωντανά όργανα έξω από το σώμα παρέχοντάς τους αίμα και αέρα.